viernes, 2 de marzo de 2012

PORTADA


NSTITUTO TECNOLOGICO DE CD. ALTAMIRANO GRO



LIC: BIOLOGIA

MATERIA:
BIOLOGÍA MOLECULAR


UNIDAD NUMERO 4

"REPLICACIÓN DEL ADN


NOMBRE DE LA ALUMNA:

ALEXA MOLINA VALENZUELA
09930047



SEMESTRE Y GRUPO:
Vl SEMESTRE “A”

NOMBRE DEL PROFESOR:
FRANCISCO JAVIER PUCHE ACOSTA

CD.ALTAMIRANO, GRO      2/MARZO/2012 

miércoles, 29 de febrero de 2012

CONCLUSIÓN FINAL DE LA UNIDAD NUMERO 3

En la unidad numero 3 llamada "Organización del material genético, puedo concluir que como en las demás unidades, se cumplió con los objetivos planteados. Ya que se comprendió y se explico la forma en la que se encuentra organizado el genoma de los organismos tanto eucarioticos y procarioticos, y así entender su funcionamiento.
También se relaciono los distintos grados de empaquetamiento con las distintas etapas del ciclo celular que presentan.
Y se discutió las distintas maneras en que el ADN se organiza en cromosomas, incluyendo virus, bacterias y eucariotas.
Cada que empezaba la hora el profesor iba preguntando que habíamos visto en las clases anteriores y eso servia como repaso para tener una mejor comprensión y analizar los puntos hablados. Y sobre las dificultades que se me presentaron en esta unidad, mas que dificultades, fue solo que el cuestionario de prueba me sirvió en lo personal para darme cuenta en lo que aun no he comprendido muy bien en la unidad. Pero en el día del examen espero reflejar los conocimientos estudiados. A manera futura, veo que voy aprendiendo bastante en el curso de Biología Molecular. Y solo es cuestión de aplicarse y dar repaso a los apuntes para poder tener conocimiento de los temas.

martes, 28 de febrero de 2012

3.3 ORGANIZACIÓN GENÓMICA VIRAL



*Los genomas víricos pueden ser de DNA o RNA y de cadena doble o sencilla.

*Los genomas de RNA de doble cadena están segmentados (constituidos por distintas moléculas de RNA, cada una de ellas portadora de un determinado gen). Los genomas de RNA de cadena sencilla pueden estar segmentados

*Los genomas de DNA de doble cadena pueden ser lineales o circulares.
Genes solapados: una misma secuencia puede codificar distintas proteinas funcionales dependiendo del marco de lectura escogido.

*Los retrovirus poseeen un enzima denominado transcriptasa reversa capaz de sintetizar una copia de DNA a partir de una molécula de RNA.

*En ciertos casos, los virus sintetizan enormes poliproteinas que posteriormente son escindidas enzimáticamente para dar lugar a varias proteinas funcionales.


¿Que es un virus? 
Un virus es una particula no viva que solo puede reproducirse a si misma infectando una celula viva y modificando la maquinaria celular de la huésped para general una descendencia de particulas virales. Los virus estan formados por una cubierta proteica y un núcleo central que contiene su genoma.
Los genomas virales son muy distintos entre si, muchos estan compuestos de ADN, que cuando estan empaquetados puede ser de cadena sencilla y cadena doble. Algunos virus como el HIV (retrovirus) contiene genomas de RNA, algunos de cadena sencila y otros de cadena doble. Algunos genomas virales contienen DNA y RNA circulares.
Independiente del genoma del virus hay siempre una fase intracelular del ciclo infectivo, en la cual este genoma se convierte en DNA de cadena doble.

En los pequeños genomas de plasmidos, organulos y virus, los genes se encuentran cercanos unos  a otros, casi sin espacio intergénico (tambien en bacterias) y es completamente distinto al genoma de animales y plantas, donde estos espacios son mucho mayor.

Estas son las características que se utilizan para la 
clasificación de los virus y se basan en:
1.- Tipo de células hospedadoras (animal, vegetal, bacteriana)
2- Naturaleza química del ácido nucleico (RNA, DNA)
3.- Morfología del virión (helicoidal, icosaédrico, complejo)
4.- Lugar de replicación (núcleo, citoplasma)


ESTRUCTURA
El tamaño de los virus está comprendido entre 20 y 300 nm. Ya que la mayoría miden menos de 250 nm, límite de resolución del microscopio óptico, sólo son visibles con ayuda del microscopio electrónico.
Los virus están compuestos de un núcleo central formado por ácido nucleico (DNA o RNA, pero nunca los dos en el mismo virión) rodeado por una proteína que constituye la cápsida. El núcleo central y la cápsida forman conjuntamente la nucleocápsida del virión. Además de las proteínas de la cápsida, muchos virus contienen dentro de la cápsida uno o más enzimas que actúan en la replicación de los ácidos nucleicos del virus, polimerasas. Los retrovirus contienen la transcriptasa inversa que sintetiza una cadena de DNA a partir de RNA viral. Algunos virus contienen además una estructura que rodea a la nucleocápsida denominada envuelta formada por lípidos (mayoritariamente fosfolípidos aunque también existen glicolípidos, ácidos grasos, etc.). Esta envuelta puede así mismo tener espículas constituidas por glicoproteínas.

Bibliografía:

http://www.unav.es/ocw/genetica/tema12-3-1.html 
http://alexmontalvo.wikispaces.com/Estructura+de+virus  

3.2.3 ADN MITOCONDRIAL


ADN MITOCONDRIAL
Los cromosomas de mitocondrias y cloroplastos son de DNA de doble cadena.
Los cromososmas de los orgánulos contienen genes específicos de las funciones que lleva cabo el organulo, sin embargo la mayoría de funciones del organulo están codificadas en el núcleo.
Las mitocondrias y cloroplastos probablemente se originaron por endosimbiosis de una procariota.
Las mitocondrias  se encuentran en todos los seres eucariotas aerobios; contienen las enzimas para la mayor parte de las reacciones oxidativas que generan energia para las funciones celulares.
Estas enzimas incluyen a la piruvato-deshidrogenasa, a las involucradas en el transporte de electrones, en la fosforilación oxidativa, en el ciclo del Krebs, y en la oxidación de los acidos graso.
Actualmente se conocen las secuencias completas del ADN de varios genomas mitocondriales. Al ADN mitocondrial se lo conoce como ADNmt (mtDNA).

La estructura del genoma mitocondrial es circular como es el del genoma bacteriano. Se trata de una molecula circular de ADN, helicoidal, con doble hebra, y supercondensada.
Se conocen algunos pocos casos de genomas mitocondriales de forma lineal. En muchos casos, el contenido de GC (guanina-citosina) del ADNmt difiere en gran medida del ADN nuclear, y esto permite separar el ADNmt del nuclear por centrifugacion en un  gradiente de cloruro de cesio. No existen histonas u otras proteinas semejantes asociadas al ADNmt. Existen muchas copias del genoma mitocondrial en cada mitocondria, las que se ubican en ciertas regiones llamadas nucleoides. En muchos animales, las dos hebras que componen el ADNmt difieren en densidad porque las bases nitrogenadas no están distribuidas de forma equilibrada en ambas hebras.



El contenido de genes de genomas mitocondriales de distintas especies es bastante similar tanto en n° como en cantidad de funciones distintas. Sin embargo, el tamaño varia enormemente entre distintos organismos.
 En los animales, el genoma mitocondrial generalmente es menor a 20 kb (kilobases); por ej. en el hombre el ADNmt tiene 16.569 bp (pares de bases). Por su parte, el ADNmt de una levadura contiene cerca de 80.000 bp (80 kb), mientras que en las plantas varia entre 100 y 2.000 kb. La mayor diferencia entre animales, hongos y plantas es que en los animales el ADNmt codifica algoun producto en casi toda su extensión, mientras que en el genoma mitocondrial de hongos y plantas existen largas secuencias de DNA que no codifican productos.


En general, el ADNmt contiene información para la sintesis de una cantidad de componentes de las mitocondrias, como ser: distintos ARNt y ARNr, algunos de los polipetidos que constituyen las enzimas citocromo-oxidasas, NADH-deshidrogenasa, y ATPasas. Otros componentes de las mitocondrias estan codificados por genes nucleares y luego son introducidos a las mitocondrias.. Estos componentes incluyen a la ADN-polimerasa y otras proteins necesarias para la replicación del ADNmt; tambien la ARN-polimerasa y otras proteins de la transcripcion proteinas ribosomales para la formación de los ribosomas mitocondriales, factores de transcripcion proteicos, y algunas otras subunidades pepticas para la integración de las enzimas citocromo-oxidasas, NADH-deshidrogenasa, y ATPasas.

En los genomas mitocondriales de los hongos y las plantas, que son mucho mas grandes, los genes de ARNt no son separadores de los otros genes, ya que existen secuencias no codificantes bastante grandes entre genes.
No existen intrones en el genoma mitocondrial de animales, pero existen en el genoma mitocondrial de las plantas.

Bibliografía:

http://www.lourdesluengo.es/biologia/mitocondria.html

http://apuntes.infonotas.com/pages/biologia/la-celula/la-mitocondria.php

3.2.2 COMPLEJIDAD DEL GENOMA


Las investigaciones llevadas a cabo hasta ahora sugieren que la complejidad del genoma humano no radica ya en el número de genes, sino en cómo parte de estos genes se usan para construir diferentes productos en un proceso que es llamado ayuste alternativo. Otra importante razón de esta complejidad radica en el hecho de que existan miles de modificaciones químicas para fabricar proteínas así como del repertorio de mecanismos que regulan este proceso. 


Los genes se diferencian unos de otros por su función y por su tamaño, pero en la mayoría de ellos puede observarse una serie de rasgos topológicos comunes. A eso se le llama naturaleza de los genes. 

Las principales regiones de un gen son:
Un gen es una región de DNA cromosómico que puede trascribirse en una molécula de RNA funcional en el momento y lugar adecuados del proceso de desarrollo de un organismo. Para que esto ocurra un extremo de un gen contiene una región reguladora, es decir un segmento de DNA con una secuencia especifica de nucleótidos que le permita recibir y responder a señales de otras partes del genoma o del ambiente celular. En el otro extremo del gen existe una región encargada de terminar la trascripción.

El hecho de definir con precisión que es un gen puede dificultarse ya que muchos genes eucarioticos contienen segmentos de DNA, llamados intrones, que se encuentran intercalados en la región transcrita del gen. Los intrones no contienen información para al formación del producto génico correspondiente. (p.e proteína). Se transcriben junto con las regiones codificantes (llamadas exones) pero luego son eliminados del transcrito inicial.
La correcta secuencia de nucleótidos de los intrones, de la región reguladora y de la región codificante es necesaria para crear un trascrito del tamaño adecuado, en el momento y lugar adecuado y estas tres partes deben considerarse como una unidad funcional completa, en otras palabras como parte de un gen.



Los genes están rodeados de mas DNA
Los análisis de secuencia han demostrado que hay DNA entre los genes, de función desconocida la mayor parte. El tamaño y la naturaleza de este DNA dependen del genoma. En hongos, este DNA intergénico es pequeño, pero en mamíferos es muy grande.

Desde un punto de vista conceptual, en algún lugar entre los propios genes y estas regiones intergénicas existen secuencias de DNA que pueden estar bastante alejadas de un gen pero que afectan su regulación. Pueden ser considerarse parte de la unidad funcional del gen, incluso aunque esten separados por largos tramos de DNA que no tienen nada que ver con el gen en cuestión.
En muchas eucariotas, el DNA que esta entre los genes puede ser de tipo repetitivo, consistente en varios tipos de diferentes de unidades que se repiten a través del genoma. El DNA repetitivo también puede encontrase dentro de los intrones. La cantidad de DNA repetitivo varia entre diferentes especies e incluso existen variaciones del número de repeticiones dentro de una especie. La función del DNA repetitivo es todavía un misterio.

Tamaño del genoma
Los tamaños de os genomas se miden en unidades formadas por miles de bases de nucleotidos (llamados kilobase, kb) o millones de pares de nucleotidos (megabases, mb), observa la tabla siguiente y dese cuenta que el tamaño de genoma aumenta con la complejidad del grupo (aunque hay diferencias dentro de los grupos.

Beneficios de la la investigación Genómica
Medicina molecular
  • Diagnóstico y prevención de enfermedades
Prueba genética: Las pruebas basadas en el ADN son casi el primer uso comercial y de aplicación médica de los nuevos descubrimientos en genética. Estos ensayos se pueden usar para el diagnóstico de enfermedades, la confirmación diagnostica, la información del pronóstico así como del curso de la enfermedad, para confirmar la presencia de enfermedad en pacientes asintomáticos y, con variados grados de certeza, para predecir el riesgo de enfermedades futuras en personas sanas y en su descendencia.
  • Estudio de susceptibilidad en las enfermedades
  • Intervención (tratamiento) sobre la enfermedad: Posibilidades de desarrollo de técnicas o para tratar enfermedades hereditarias. El procedimiento implica reemplazar, manipular o suplementar los genes no funcionales con genes funcionales. En esencia, la terapia génica es la introducción de genes en el ADN de una persona para tratar enfermedades. La posible creación de fármacos a medida del enfermo Terapia génica y Farmacogenómica.

Bibliografía:
http://iibce.edu.uy/uas/biomolec/genoma.htm

 www.ejournal.unam.mx/cns/no68/CNS06806.pdf

sábado, 25 de febrero de 2012

3.2 ORGANISMOS EUCARIÓTICOS

Se denomina eucariotas a todas las células que tienen su material hereditario fundamentalmente (su información genética) encerrado dentro de una doble membrana, la envoltura nuclear, que delimita un núcleo celular.Las células eucariotas son las que tienen núcleo a lo contrario que las procariotas que carecen de el. Se llaman las célulastontas a aquellas que solo tienen medio núcleo y la mitad de su materia genética esta dispersada por toda ella. A los organismos formados por células eucariotas se les denomina eucariontes.

                           


En los organismos eucarióticos, la mayoría de los genes se encuentra en los cromosomas del núcleo. 
Las especies eucarióticas se clasifican como:
Diploides: (Dos series de cromosomas en el núcleo).
Haploides: (Una sola serie de cromosomas en el nucleo), la mayoría de algas y hongos son haploides y el resto de eucariotas (incluyendo plantas y animales) son diploides.

La letra n se utiliza para designar el número de cromosomas de un genoma nuclear de un organismo.
Diploide: 2n.
 Haploide: n.
Las condiciones 3n, 4n, 5n,: Se conocen como poliploides.

En una célula diploide, puesto que hay dos series cromosomitas, existen dos cromosomas de cada tipo. Los miembros de cada par se conocen como cromosomas homologos. 
Los miembros de un par homologo básicamente son identicos y aportan los mismos genes, aunque muchas veces diferentes alelos (formas diferentes de un mismo gen).
Para determinar el número de cromosomas de una célula, estos simplemente se tiñen y se cuentan al microscopio óptico.

3.2.1 ADN LINEAL Y EMPAQUETAMIENTO
Una célula humana contiene alrededor de 2 metros de DNA (1 metro por cada serie cromosomica). El cuerpo humano está constituido por unas 1013 células y cada célula es diploide, por lo que contiene en total unos 2x1013 metros de DNA.
La distancia de la tierra al sol es 1,5 x 1011 metros…
Ello significa que el DNA de nuestro cuerpo podría extenderse hasta el sol y volver casi 100 veces. Este hecho significa que el DNA de las eucariotas debe estar empaquetado de una forma muy eficaz.


3.2.1.1 HISTONAS
De hecho el empaquetamiento ocurre en el núcleo donde el DNA se condensa en 46 cromosomas, todo ello en un núcleo de 0,006 mm de diámetro! Para entender como ocurre esto hay que conocer la estructura tridimensional de los cromosomas.
Al microscopio los cromosomas aparece como fibras de 30 nm de diámetro, o que indica que la molécula de DNA debe estar muy plegada.
Histonas: La mezcla completa de materiales  de los que se compone el cromosoma se conoce como cromatina. Se trata de DNA y proteínas.
Las histonas son proteínas asociadas al DNA en los nucleososmas. Los nucleosomas (10 nm) están formados por un octamero compuesto por dos unidades de cada una de las histonas (H2A, H2B, H3 Y H4).



3.2.1.2 SOLENOIDES

El DNA (asociado a las histonas) da dos vueltas alrededor de cada octamero de los nucleosomas, el nucleosoma es una forma distendida, de una forma muy enrollada denominado solenoide (30 nm) , el solenoide mantiene su forma mediante otra histona H1.
Para conseguir el primer nivel de empaquetamiento el DNA se enrolla alrededor de las histonas, que actúan, como bobinas de un hilo, un nuevo enrollamiento genera la conformación del solenoide.



3.2.3 CROMOSOMAS
Los cromosomas se encuentran muy enrollados, si un solenoide tiene de diámetro 30 nm, un cromosoma condensado tiene 700 nm. Para esto el solenoide se enrolla sobre un esqueleto proteico compuesto de la enzima topoisomerasa II, que es capaz de pasar una cadena de DNA a través de otra


 .


En los niveles sucesivos de empaquetamiento cromosómico:
1) El DNA se enrolla sobre los nucleosomas que actúan como bobinas de hilo.
2) Los nucleosomas se enrollan formando un solenoide. 
3) El solenoide forma lazos anclados a un esqueleto central.
4) El esqueleto unido a los lazos se dispone como un solenoide gigante.

Bibliografía:
Wu RS, Panusz HT, Hatch CL y Bonner WM (1986) Histones and their modifications, Crit Rev Biochem 20: 201-263.

http://www.ucm.es/info/genetica/grupod/Cromoeuc/cromoeuc.htm

TAREA "TRANSPOSICIÓN"

La transposición: Es el fenómeno por el cual un elemento de DNA cambia de ubicación física en el cromosoma sin aprovechar ningún tipo de homología de secuencia, sino a través de una proteína específica denominada transposasa.
Entendiendo por transposición, al hecho de que una secuencia pueda cambiar de sitio en el genoma, lo que puede moverse o transponerse no siempre es lo mimo, en estos elementos, puede ser un gen, un conjunto de genes ligados, un fragmento de gen, una región no codificante e incluso es posible que un elemento genético o móvil transponible hay acumulado tantas mutaciones que se haya perdido la capacidad de transponerse. Los elementos pueden cambiar de posición dentro del cromosoma o pasar de un cromosoma a otro. 
Elementos genéticos transponibles
Definición.
Han sido aplicados desde que se descubrieron la primera vez por Bárbara. Y lo descubrió en el Amish, en un laboratorio en Alemania mientras trabajaba.
Se han llamado de múltiples formas: Casettes, genes móviles, y lo mas actual que engloba a todos ellos es elementos genéticos transponibles.
Son secuencias que son capaces de transponerse. Este tipo de elementos genéticos han sido muy importantes a lo largo de la evolución y lo que puede producir son varios efectos:

  • Cuando se insertan en un sitio nuevo lo que pueden hacer es inactivar el gen. Con cambios que pueden ser inestables. De esta forma dan lugar a fenotipos variegados. Bárbara observó en algunos granos del Amish un fenotipo variegado.


  •                        Elementos genéticos transponibles
    Con elementos genéticos transponible al insertarse n nuevos sitios aportan regiones de homología.

                                         Elementos genéticos transponibles
    Aun son diferentes cromosomas, los elementos genéticos transponibles como aportan regiones de holomogía se puede dar recombinación que puede dar lugar a inversiones deleciones.
    • Perdida (deleción): puestos en la misma dirección.
    • Inversión de la secuencia entre los dos elementos genéticos o móviles transponibles: puestos en diferentes direcciones.

  • Cuando un elemento genético transponible se inserta en un sitio concreto, puede generar duplicaciones en el sitio donde se ha situados. Se obtienen dos secuencias repetidas, si los elementos genéticos móviles o transponibles pueden originar deleciones, inversiones y duplicaciones, significa que tienen un papel evolutivo importantísimo sobre todo las inversiones y las duplicaciones.
    En procariotas.
    Características:
    Los elementos genéticos transponibles en procariotas aparecen tanto en el cromosoma principal de bacterias como en los plasmidos o plasmidios. Además en general estos tienen repeticiones invertidas. Esto elementos tienen la capacidad de transponerse de un lugar a otro dentro del cromosoma principal, de un lugar a otro dentro de los plasmidos o plasmidios y también desde el cromosoma principal a los plasmidos y viceversa. Y también de un plasmido a otro.
    Tipos.
  • Clase I:
  • Secuencias de inserción: Las secuencias de inserción (IS), tienen un tamaño aproximada igual a 0,3 Kb. Tiene a ambos extremos dos secuencias denominadas ITR (Inverted Terminal Repeat). Además los IS tienen en el interior un gen que codifica para una enzima que se denomina transposasa, es un enzima que interviene en el mecanismo de transposición.
  • Transposones compuestos: Tienen un tamaño que oscila entre 2'5-10 Kb. Tienen a ambos extremos dos elementos IS. Además en el interior tienen genes para la resistencia a antibióticos.
  • Clase II:
  • De la familia del Tn3 (transposon 3: Su tamaño es aproximadamente igual a 5 Kb, tiene a los extremos secuencias ITR, además tiene un gen que codifica para la transposasa, tiene un segundo gen que codifica para la enzima resolvasa, el producto de este gen repite la transposición. Y tiene un gen para la resistencia a antibióticos .
    Mecanismos de transposición.
  • Modelo replicativo: Se hace una copia, y esta se introduce en el receptor permaneciendo intacta la secuencia que se copia.
  • Modelo no replicativo no conservativo: La situación original es que tenemos un transposon y otro que no lo tiene. El transposon se escinde y el receptor lo recibe, quedando un hueco en el donante. Puede suceder que se repare o no.
  • Conservativa: El transposon se escinde pero no deja huecos, y el elemento genético se inserta en otro sitio.
                                       

  • En eucariotas.
    Características.
    Los elementos transponibles de eucariotas, suelen ser genes mayores. No llevan tantas secuencias invertidas repetidas y además algunos se transponen a través de una molécula de RNA en lugar de a través de una molécula de DNA.
    Tipos.

  • Se transponen a través de RNA.
  • Tipo retroviral: Un retrovirus consta de en su extremos secuencias LTR (long terminal repeat) repeticiones terminales largas. Además tiene siempre tres genes, uno es GAG otro es el ENV y el otro es el POL (gen que codifica para una proteína exclusivamente retroviral la transcriptasa inversa).

    • Lines: No tiene LTR, tiene el gen POL, algunos tienen el GAG. En 3' tiene una cola de poli A, esto es una prueba de que es una secuencia que se ha transpuesto de una molécula de RNA.
    • Tipo no retroviral: Los sines solo tienen una cola de poli A. No tienen nada semejante a un retrovirus por ello se le denomina no retroviral.
    • Se transponen a través de DNA.
    • El FB y P en Drosophila: el FB viene de fold back tiene ene los extremos dos repeticiones tan largas que no hay nada en medio, y es capaz de plegarse. El elemento P tiene repeticiones invertidas pero cortas, es el responsable de una enfermedad llamada disgenia híbrida en Drosophila.
    • El Ac-Ds en el maíz: Una investigadora llamada Bárbara McClintock en 1950 trabajando con el maíz. Se encontró plantas con granos de maíz amarillo pero también plantes con granos de maíz blancos y algunos granos que eran blancos y amarillos (blancos con manchas). La causa de las tres alteraciones era que existe en el maíz que ella llamoelementos controladores del maíz, y que eran capaces de saltar de un sitio a otro dentro del genoma del maíz. En el 83 recibió el premio Nobel.
                                 
      Bibliografía:
      Kidwell, M.G. (2005). «Transposable elements.». En (ed. T.R. Gregory). The Evolution of the Genome. San Diego: Elsevier. pp. 165–22.ISBN 0-12-301463-8.
      http://html.rincondelvago.com/elementos-geneticos-transponibles.html.