sábado, 25 de febrero de 2012

3.1.3.2 BACTERIOFAGOS

Los bacteriófagos o fagos son virus que infectan y lisan bacterias de manera específica, consisten fundamentalmente de material genético y proteínas.
Su genoma puede componerse de DNA o de RNA el cual puede ser de cadena doble o de una sola cadena. El mencionado material genético es protegido por una cubierta de proteínas denominada cápside.
La estructura de los fagos, es determinada por sus proteínas de envoltura (o proteínas estructurales) cuya función principal es la de proteger al material genético fágico,éstas proteínas pueden además proveer al fago de: cuello, cola, fibras caudales,laminas básales y/o espículas. (Mathur M., Vidhani S., Mehndiratta, P., 2003. Bacteriophage Therapy: An alternative to convencional antibiotics. Journal API, 51:593-596. Clark J., March, J.)

                                            


Los bacteriófagos pueden ser: Elicoidales, Icosaedricos, Con envoltura y Complejos.

Los fagos como todos los virus son parásitos obligados intracelulares, es decir necesitan estar dentro de una bacteria para poder replicarse y en este sentido, los fagos han desarrollado dos ciclos replicativos los cuales han sido esquematizados por el Dr. Kameyma (Whitney, S., Cartmell, E., Avery, L., Stephenson, T., 2005, Bacteriophages potential for application in wasterwater process. Science of the Total Environment., 339:1-18.)

En el ciclo lítico: 
         Las células hospedadoras del fago son lisadas (destruidas) tras la replicación yencapsulación de las partículas virales, de forma que los nuevos virus quedan libres para llevar a cabo una nueva infección. 

En el ciclo lisogénico: No se produce la lisis inmediata de la célula. El genoma del fago puede integrase en el ADN cromosómico de la bacteria hospedadora, replicándose a la vez que lo hace la bacteria o bien puede mantenerse estable en forma de plásmido, replicándose de forma independiente a la replicación bacteriana. 

                                                

Replicación del Bacteriófago:

Acoplamiento:

Para entrar en una célula, los fagos se acoplan a receptores específicos en la superficie de la bacteria, que pueden ser lipopolisacáridos, ácidos teicoicos, proteínas o incluso flagelos. Por ello, cada fago solo podrá infectar ciertas bacterias según sus receptores. Puesto que los fagos no son móviles, dependen de encuentros al azar con los receptores adecuados en solución para poder infectar una bacteria.
Parece que los bacteriófagos presentan una especie de jeringa mediante la cual introducen su material genético en el interior de la célula. Tras el reconocimiento del receptor adecuado, la cola y cuello del fago se contraen, quedando así el fago acoplado a la superficie celular. El material genético puede ser ahora introducido a través de la membrana o bien simplemente depositado sobre la superficie. No se descarta que pueda haber fagos con otros métodos diferentes para introducir su material genético en la célula.

Síntesis de proteínas y ácidos nucleicos:

En un corto espacio de tiempo, que pueden llegar a ser minutos, los ribosomas bacterianos comienzan a traducir el ARNm viral a proteínas. En el caso de los fagos basados en ARN, una RNA-replicasa es sintetizada al inicio del proceso.
  • Las proteínas producidas en la fase temprana y unas pocas proteínas que estaban presentes en el virión podrían modificar la RNA-polimerasa bacteriana de forma que transcriba preferentemente los ARNm virales. Todo el sistema de traducción y de replicación normal de la bacteria se ve interrumpido y es forzado a producir nuevas partículas virales.
  • Posteriormente, las proteínas helper se encargarán de ensamblar las nuevas partículas virales.
  • Finalmente, se sintetizan las proteínas de la fase tardía, involucradas en el proceso de la lisis celular.
  • Ensamblaje:

    En el caso del fago T4, la construcción de nuevas partículas virales es un complejo proceso que requiere la ayuda de ciertas moléculas. La cola y la cabeza o cápside del fago son construidas por separado y se ensamblan posteriormente de forma espontánea. Después, el ADN es empaquetado en el interior de la cápside mediante un mecanismo no muy bien conocido aún. Todo el proceso puede durar unos 15 minutos.La cabeza tiene simetría icosaédrica (un icosaedro con un prisma hexagonal intercalado. La cola es de simetría helicoidal formada por un tubo central rígido y una vaina contráctil. De la placa basal salen seis espículas basales y seis fibras caudales. En la conexión de la cabeza y la cola existe un collar. Cada una de estas estructuras está formada por diferentes proteínas.

    Liberación de los fagos:

    Los fagos pueden ser liberados mediante lisis celular o por secreción celular. En el caso del fago T4, unos 20 minutos después de inyectar el material genético, más de 300 fagos son liberados vía lisis. La proteína que lleva a cabo la lisis es la endolisina, una enzima capaz de romper las moléculas de peptidoglicano de la pared bacteriana. Sin embargo, algunos fagos pueden quedarse en la célula como parásitos, de forma que la bacteria va secretando constantemente nuevas partículas virales. En estos casos, los viriones salen mediante procesos de exocitosis, en los que cada uno se queda con una pequeña porción de membrana bacteriana que los envuelve. Todos los nuevos fagos liberados quedan en disposición de infectar a una nueva bacteria.


    Bibliografía:
    Revista Mexicana de ciencias Farmaceutica. "Los bacteriófagos como una alternativa en el tratamiento de enfermedades infecciosas bacterianas (Fagoterapia)"
    Nallelyt Segundo A.1, Efrén Hernández B.1, Oliver López V.2, Oscar Torres A.

UNIDAD NUMERO 3. "ORGANIZACIÓN DEL MATERIAL GENÉTICO"

3.1 ORGANISMOS PROCARIÓTICOS


Se llama procariotas a las células sin núcleo celular diferenciado, es decir, cuyo material genético se encuentra disperso en el citoplasma, reunido en una zona denominada nucleoide. Por el contrario, las células que sí tienen un núcleo diferenciado del citoplasma, se llaman eucariotas, es decir aquellas cuyo ADN se encuentra dentro de un compartimiento separado del resto de la célula.
                                                   
3.1.1 ADN CIRCULAR
El genoma de la mayoría de los procariontes esta formado por un único cromosoma. Normalmente es una molécula de DNA de doble cadena cerrada y circular. Los genes bacterianos estan muy agrupados, con distancias intergénicas muy pequeñas, y los intrones son muy escasos. En algunas regiones, varios genes están relacionados y se organizan en un grupo, y solo se forma una molécula de RNA de todo el grupo (a esta unidad se le llama operón.

3.1.2 PROTEÍNAS ASOCIADAS
El DNA en bacterias se  organiza en un nucleoide que  se forma por un superenrrollamiento. 
El superenrollamiento es una forma de liberar la tensión torsional producida por la adición (+)
o sustracción (-) de vueltas en una molécula circular de DNA.
Los superenrollamiento puede ser:
- Positivo (p.e. arqueas) o negativo (eubacterias).
- Superenrollamiento (-): la molécula torsionada gira hacia la derecha
- Superenrollamiento (+): gira a la izquierda. 

3.1.3 ADN EXTRACROMOSÓMICO


3.1.3.1 PLÁSMIDOS 
Existen moléculas extracromosómicas de DNA, circulares o lineales, que coexisten con el genoma de la bacteria.
Existencia autónoma del cromosoma bacteriano (raramente se insertan).
Son portadores de genes no presentes en el cromosoma bacteriano p.e. genes de resistencia a antibióticos.
Un mismo plásmido puede hallarse en especies distintas de bacterias.
Por todo ello no suele considerárseles como parte del genoma bacteriano propiamente dicho, aunque en algunos casos ésto sea muy discutible.
Diferencias entre ADN Cromosómico y ADN Plásmidico.

ADN Cromosómico
ADN Plásmidico

Tiene un tamaño de 5 mb
Tiene un tamaño de 5 kb
Están muy agrupados, con distancias intergénicas muy pequeñas, y los intrones son muy escasos. A este agrupamiento se le llama (Operón)
No pueden vivir fuera de la célula. Los plásmidos bacterianos contienen a menudo genes que son útiles para la célula huésped
El ADN es circular
El ADN puede ser circular o lineal
Se  organiza en un nucleoide que se forma por un superenrrollamiento.
Se encuentran plásmidos en hongos y células vegetales. La mayor parte de ellos se encuentran en mitocondrias y cloroplastos.
Existen una serie de proteínas relacionadas con el empaquetamiento del DNA a estas proteínas se le llaman:  (H-NS), (HU)
Muchas copias por bacterias, solo para copiarse a sí mismos.

Se unen y se anclan en una proteína formando lazos.
Están obligados a vivir dentro de la bacteria.

Se presentan en gene agrupados.

Bibliografía:
http://enciclopedia.us.es/index.php/Procarionte


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INTRODUCCIÓN
En la unidad numero 3. "ORGANIZACIÓN DEL MATERIAL GENÉTICO" Como el nombre de la unidad lo dice, veremos, estudiaremos, conoceremos y comprenderemos como es que esta formado y organizado el material genético tanto en organismos procarióticos y eucarióticos. Y así mismo nosotros poder relacionar los distintos grados de empaquetamiento que presentan estos organismos con las distintas etapas del ciclo celular. De igual manera discutiremos las distintas maneras en que el ADN se va a organizar en los cromosomas tanto en los virus, como bacterias y eucariotas.
Y para una mejor comprensión también se hablara sobre las proteínas asociadas que se encontraran en estos procesos, de igual forma veremos como es el ADN circular, y el ADN lineal.


OBJETIVOS
Ø  Comprender la forma en que esta organizado el genoma de los organismos para entender su funcionamiento.

Ø  Relacionar los distintos grados de empaquetamiento con las distintas etapas del ciclo celular.

Ø  Discutir las distintas maneras en que el ADN se organiza en cromosomas, incluyendo virus, bacterias y eucariotas.

METODOLOGÍA
La metodología que utilizare en mi portafolio de evidencias de trabajo, así como mis tareas, resumen de las clases, e investigaciones. Serán conforme a los días de clases.
Por ejemplo un día Martes en la clase, el profesor nos habla de como esta organizado el ADN en organismos procarióticos, y ese mismo día visto el tema, por la tarde subiré información sobre el tema mencionado.
Cuando el profesor, programe una fecha para entregar un trabajo de investigación, y se llegue el día de entrega, subiré mi trabajo realizado.
Cuando el profesor, nos deje algún ejercicio en clase, tomare evidencias "Fotografias" Para tenerla vista en mi portafolio de evidencias, y así mismo comprobar mis trabajos. De igual  manera serán los exámenes aplicados.
Ahora bien, la metodología que utilizare para poder aprobar la segunda unidad con una buena nota serán; Primeramente, asistir a todas las clase, llegando puntual, prestar atención a los temas, cualquier duda o pregunta que tenga, preguntársela al profesor. Cuando deje un trabajo de investigación, revisaré diferentes bibliografías actuales para presentar un buen trabajo. También si es necesario discutiré la información encontrada con mis compañeros de clase, o con el profesor.Realizare esquemas o cuadros sinopticos para poder entender a manera de dibujos los conocimientos adquiridos.

PORTADA


NSTITUTO TECNOLOGICO DE CD. ALTAMIRANO GRO



LIC: BIOLOGIA

MATERIA:
BIOLOGÍA MOLECULAR


UNIDAD NUMERO 3
"ORGANIZACIÓN DEL MATERIAL GENÉTICO


NOMBRE DE LA ALUMNA:

ALEXA MOLINA VALENZUELA
09930047



SEMESTRE Y GRUPO:
Vl SEMESTRE “A”

NOMBRE DEL PROFESOR:
FRANCISCO JAVIER PUCHE ACOSTA

CD.ALTAMIRANO, GRO      25/FEBRERO/2012 

EVIDENCIAS


















Examen de la segunda unidad. "Estructuras y propiedades del Material Genetico"

miércoles, 22 de febrero de 2012

FORMAS DEL ADN


RESUMEN
El ADN es la sustancia química donde se almacenan las instrucciones que dirigen el desarrollo de un huevo hasta formar un organismo adulto, que mantienen su funcionamiento y que permite la herencia. Es una molécula de longitud gigantesca, que está formada por agregación de tres tipos de sustancias: Azúcares, llamados desoxirribosas, el ácido fosfórico, y bases nitrogenadas de cuatro tipos, la adenina, la guanina, la timina y la citosina. Cuando hablamos del ADN, nos estamos refiriendo al núcleo central que controla todo el metabolismo de célula, contiene y guarda el material genético y es capaz de copiarse así mismo.                                                                                       El ADN lo podemos encontrar en varias formas dependiendo la naturaleza: Por ejemplo la forma ADN- A, ADN- B, ADN -Z entre otras. La forma más común es la forma ADN-B  propuesta por Watson y Crick.                                                                                                          En este trabajo se presentaran diferentes formas biológicas en las que podemos encontrar el ADN, y así mismo podremos observar sus características biológicas y las diferencias que presentaran entre ellas.

SUMMARY
The DNA is the chemical that stores the instructions that direct the development of an egg to form an adult organism, which maintain their operation and allows inheritance. Is an enormous length molecule, which is formed by aggregation of three types of substances: sugars, called deoxyribose, phosphoric acid, and four types ofnitrogenous bases, adenine, guanine, thymine and cytosine
When we talk about DNA, we are referring to the core that controls the metabolism ofcells, containing genetic material and stores and is able to copy likewise. The DNA can be found in various forms depending on the nature: For example howDNA-A,-B DNA, DNA-Z among others. The most common is the B-DNA proposed byWatson and Crick.                                                                                                                                In this paper we present different biological forms in which we find the DNA, and so itcan observe its biological characteristics and differences present between them.

ÍNDICE

                                                                                                 Página

1. Antecedentes                                                                           4
2. Definición del problema                                                          5
3. Objetivo (s)                                                                                5
    3.1. General                                                                               5
    3.2. Específico                                                                          5
4. Justificación.                                                                             6
5. Fundamento teórico.                                                                6
6. Materiales y Métodos.                                                             8
7. Resultados.                                                                               8
8. Conclusiones y Recomendaciones.                                      10
9. Fuentes consultadas.                                                              10
10.  Anexos.                                                                                  11


  
                                                           1. ANTECEDENTES

Después de que el papel central del DNA en la herencia se hizo evidente, muchos científicos se dispusieron a determinar su estructura con exactitud. Ellos se preguntaban. ¿Cómo puede una molécula con un rango tan limitado de componentes distintos almacenar la inmensa variedad informativa de las estructura de todas las proteínas de los seres vivos?
Los primeros que tuvieron éxito en descubrir la estructura fueron Watson y Crick en 1953- tuvieron en cuenta dos tipos de pistas.
En primer lugar, Rosalind Franklin y Maurice Wilkins, habían acumulado muchos datos de difracción de rayos X sobre la estructura de DNA.
El segundo tipo de datos procedía del trabajo de años antes de Edwin Chargaff. Estudio DNA de diferentes organismos. Erwin Chargaff analizó la composición de bases de distintos organismos y encontró distintas proporciones de los 4 nucleótidos en cada uno de los organismos estudiados. También observó que esta composición no cambiaba con la edad ni el ambiente. Pero lo más importante es que había tantas purinas como pirimidinas en todos los organismos.
En los primeros análisis de difracción de R-X realizados por Rosalyn Franklin se observaba que el DNA tenía un espaciado regular de 0,34 nm. Éste y otros indicios indicaban que debe tener algún tipo de estructura en hélice que se repite periódicamente, los datos sugerían que el DNA era largo y fino y que consta de dos partes separadas que corre una al lado de la otra a lo largo de la molécula, también demostraba que la molécula era helicoidal.
Watson y Crick construyeron un modelo que cumpliera todas las investigaciones que sobre el DNA se habían realizado hasta la fecha y propusieron, además, cómo tenía que conservarse y transmitirse la información de esta molécula. También introdujeron que esta molécula se podía mutagenizar espontáneamente mediante la tautomería.
Por lo general, el ADN se presenta bajo la forma B, pero ya Watson y Crick observaron que en  condiciones de moderada deshidratación podía adoptar la organización espacial A.
Watson y Crick describieron el modelo de las formas A y B del ADN mediante la interpretación de fotografías de difracción de rayos X obtenidas de fibras de ADN nativo, es decir, extraído de células. Sin embargo, la magnitud de la información que puede obtenerse de este tipo de estudios es limitada, debido a que las fibras de ADN son extremadamente largas, no cristalizan y habitualmente presentan un cierto desorden estructural. Y es por ello, que ellos llegaron afirmar que existen más formas biológicas en las que podemos encontrar el ADN.

                                                  2. DEFINICIÓN DEL PROBLEMA
Conociendo la estructura del ADN, ahora queremos saber, si existen otras formas biológicas en la que podemos encontrar a esta molécula, porque son importantes, y que características presenta cada forma biológica encontrada.

3. OBJETIVOS
3.1. OBJETIVO GENERAL

Que el estudiante adquiera familiaridad con la biología molecular, que descubra que además de la forma A, B y Z, existen muchas formas biológicas en las que podemos encontrar el DNA y las implicancias de esto para la expresión y la vida, también se busca que se usen los recursos web y las TIC´s.

3.2. OBJETIVOS ESPECIFICOS
·         Conocer  y describir cuáles son esas formas biológicas en las que se van a presentar la molécula del ADN.
·         Identificar cuáles son las características que las van a diferencias de las demás moléculas, y que funciones van a presentar.
·         Comprender la importancia de cada una de las formas encontradas.

4. JUSTIFICACIÓN
Esta investigación, nos beneficia a nosotros los estudiantes, y está hecha con el fin para que nos familiaricemos con las formas biológicas del ADN encontradas. Ya que en él se describen estas formas, mencionando sus características y la importancia que presentan.

5. FUNDAMENTO TEÓRICO
Consultando diversas bibliografías se encontraron las siguientes formas biológicas del ADN:

·         ADN-C: 
ADN con 66% de humedad, se obtiene en presencia de iones Li, muestra 9+1/3 pares de bases por giro completo y 19 Å de diámetro.

  • ADN no-B
El ADN es una molécula que se mueve continuamente, se pliega como haciendo gimnasia y baila.
  • ADN-Z
La forma Z es una forma de doble hélice levógira (con giro hacia la izquierda) con una conformación del esqueleto en zig-zag (menos lisa que la forma ADN-B). Sólo se observa un surco, semejante al surco menor, el emparejamiento entre las bases (que forman el surco mayor -cercano al eje- en la forma ADN-B) está hacia un lateral, en la superficie exterior, lejos del eje. Los grupos fosfato se encuentran más cerca entre ellos que en la forma ADN-B. El ADN-Z no puede formar nucleosomas.

  • ADN cruciforme y ADN horquilla
Las estructuras de Holliday (formadas durante la recombinación) son estructuras cruciformes. Las repeticiones (palíndromos) invertidas (o especulares) de segmentos de polipurinas/polipirimidinas también pueden formas estructuras cruciformes o en horquilla mediante la formación de emparejamientos intracatenarios.

  • ADN-H o ADN tríplex
Las repeticiones invertidas (palíndromos) de fragmentos de ADN de polipurinas/polipirimidinas pueden formar estructuras tríplex (hélices triples). De esta manera se forma una hélice triple junto a una cadena monocatenaria de ADN.
El ADN-H puede tener un papel funcional en la regulación de la expresión génica y sobre los ARNs (por ejemplo, en la represión de la transcripción).

  • ADN-G4
El ADN-G4 o ADN cuádruplex: se forma una estructura altamente estable por el plegamiento de una secuencia bicatenaria rica en GC consigo mismo a través de emparejamientos de Hoogsteen entre 4 guaninas ("G4"). Este tipo de ADN se encuentra a menudo cerca de promotores de genes y en los telómeros.
Tiene un papel en la meiosis y en la recombinación, pueden ser elementos reguladores.

  • ADN con enrollamiento paranémico
Las dos hélices se pueden separar por traslación, cada hélice tiene segmentos alternantes dextrorsos y sinistrorsos de unas cinco bases. Uno de los principales problemas del modelo de la doble hélice (ADN-B) es el enrollamiento plectonémico, para separar las dos hélices es necesario girarlas como un sacacorchos, siendo necesario un gran aporte energético.

  • ADN Palíndromos
Plegamiento o apareamiento de una hélice consigo misma. El palíndromotambién es una figura gramatical que se lee igual en los dos sentidos, por ejemplo: DABALE ARROZ A LA ZORRA EL ABAD. Existe ADN palindrómico de hélice sencilla y de hélice doble. En el palíndromo de doble cadena la secuencia de bases se lee igual en dirección 5’ P→ 3’OH en ambas cadenas.

  • ADN cuadruplexo
"In vitro" se han obtenido cuartetos de Guanina (ADN cuadruplexo) unidas mediante enlaces tipo Hoogsteen, empleando polinucleótidos que solamente contienen Guanina (G). Los extremos de los cromosomas eucarióticos (telómeros) tienen una estructura especial con un extremo 3' OH de cadena sencilla (monocatenario) en el que se repite muchas veces en tandem  una secuencia rica en Guaninas. Se piensa que el ADN cuadruplexo telomérico serviría para proteger los extremos cromosómicos de la degradación enzimática. Ejemplo de secuencia telomérica rica en guaninas (G)

6. MATERIALES Y MÉTODOS

Considero que para la realización de esta investigación se utilizo el método de investigación y el descriptivo; ya que se hizo una revisión a fondo del tema tratado, se citaron diferentes fuentes bibliográficas, libros, enciclopedias, y páginas en internet, para poder recabar información necesaria y poder realizar el trabajo. Para esto, se tuvo que seguir una serie de pasos de cómo debería estar estructurado la investigación, ya teniendo el trabajo terminado en Word, pasamos a enviárselo al profesor al correo, y después publicarlo en el blog. Y para la realización de mi trabajo, necesite tiempo anticipado para realizarlo adecuadamente, la computadora, libros y empeño suficiente para terminarlo.

7. RESULTADOS
Estas fueron las formas biológicas encontradas del ADN:

                                                    



    Fig 1. ADN-A, B, Z                                                                     Fig 2 ADN

               
  
Fig 3: ADN cruciforme y ADN horquilla










Fig 4: ADN-H o ADN tríplex                                                  Fig:5  ADN-G4



Fig 6: ADN con enrrollamiento paranémico Palíndromos paranémico   




 Fig 7:  ADN Palíndromos ADN Palíndromos paranémico    




Fig 8:  ADN cuadruplexo ADN cuadruplexo




8. CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES

En conclusión se puede decir que se cumplieron con los objetivos planteados de la investigación, ya que al realizar este trabajo, me familiaricé con las distintas formas de ADN en que se encentran, también conocí algunas características y algunas de las funciones que desempeñaba. Los resultados que se obtuvieron fueron los esperados, es decir, ya se sabía que se pudiera encontrar  diferentes formas biológicas del ADN.
Gracias a esta investigación uno como persona tiene los conocimientos necesarios para poder identificar qué tipo de ADN existen y que función desempeña cada una de las formas.
Se recomienda leer este trabajo para identificar las diferentes formas biológicas en las que se presenta el ADN. Y que quede como antecedentes para trabajos a futuro.

9. FUENTES CONSULTADAS
Páginas en internet:
Páginas encargadas con relación a genética para consulta de personas a elaborar trabajos de investigación.
Libro:
Benjamin M Lewin 1996 Genes: 1 Volumen 1 de Genes, Reverte, 


                                                    10. ANEXOS
Este anexo es un libro muy bueno que contiene información sobre las formas biológicas del ADN.

Título
Adn/ Dna
Colección Ciencias
Autor
Torsten Krude
Editor
Ediciones AKAL, 2008
ISBN
8446022664, 9788446022664
N.º de páginas
200 páginas.